O Município de Mértola encontra-se servido por 21 estações de tratamento de águas residuais (17 pertencentes so Município e 4 à empresa Águas Públicas do Alentejo - AgdA). O que corresponde a 61% da população encontram abrangidos pela rede de saneamento municipal.

As restantes localidades são servidas por fossas particulares e são limpas sempre que seja dirigido aos serviços municipais um pedido nesse sentido.

Trata-se de um serviço pago que tem afetos dois camiões próprios para efetuar esse tipo de limpezas, que se realiza por solicitação de munícipe e se destina a servir todos aqueles que ainda não se encontram abrangidos pela rede de saneamento municipal.

ETAR’s:

Tipo de Tratamento Existente nas Instalações
ETAR	Tipo
Alcaria Ruiva	Macrófitas
Além-Rio	Lamas Ativadas
Algodor	Lamas Ativadas
Corte da Velha	Lamas Ativadas
Corte Gafo de Baixo	Lamas Ativadas
Corte Gafo de Cima	Lamas Ativadas
Corte Sines	Leitos Percoladores
Corvos	Marcófitas
Fernandes	Dicos Biológicos
Monte Alto	Dicos Biológicos
Moreanes	Leitos Percoladores
Penedos	Leitos Percoladores
S. João dos Caldeireiros	Leitos Percoladores
S. Miguel do Pinheiro	Leitos Percoladores
S. Pedro de Sólis	Leitos Percoladores
S. Bartolomeu Via Glória	Lamas Ativadas
Vale do Poço	Fossa